Mamoru-kun ni Megami no Shukufuku wo!
berpusat di sekitar Mamoru Yoshimura, seorang siswa sekolah menengah yang diterima di sekolah bergengsi untuk siswa yang diberkahi dengan kekuatan Beatrice karena kecerdasannya yang tinggi. Tepat setelah pertama kali memasuki sekolah pada hari pertamanya, ia bertemu dengan Ayako Takasu yang misterius, juga dikenal sebagai Malaikat Maut Beatrice, yang merupakan siswi cantik dan populer yang kekuatannya melebihi kebanyakan orang lain. Beberapa saat kemudian, Ayako yang selama ini tidak pernah terlihat tersenyum, tiba-tiba mengungkapkan perasaannya yang kuat terhadap Mamoru, meski belum pernah bertemu dengannya sebelumnya. Pada hari yang sama, dia diangkat sebagai anggota OSIS sebagai pihak Ayako saat dia terlibat dengan bahaya dan misteri yang berkaitan dengan kekuatan Beatrice.